“Cümə Məscidi” dini icması və onun üzvləri İlqar İbrahimoğlu, Azər Səmədov, Azad İsayev, İlqar Əlizadə, Nəcəf Allahverdiyev, Adil Hüseynov, Ramin Tahirov, Pərviz Hacıyev, Eldar Sultanov və Namin Axundov Avropa Məhkəməsinə müraciət edərək dini icmanın dövlət qeydiyyatına alınmaması və İçəri Şəhərdə yerləşən məsciddən çıxarılması barədə şikayət ediblər. Lent.az-ın məlumatına görə, 2002-ci ilin iyun ayında Dini Qurumlarla İş üzrə Dövlət Komitəsinin yaradılmasından sonra, dini icmaların yeni qanunvericiliyə əməl etməsini təmin etmək üçün əvvəllər qeydiyyatdan keçmiş bütün dini qurumların yenidən qeydiyyata alınmaq üçün müraciət etmələri tələb edilib.
2004-cü ilin yanvar ayında dini icma yenidən qeydiyyatdan keçmək üçün Dövlət Komitəsinə müraciət edib, lakin təsis sənədlərinin qanunvericiliyə uyğun olmadığı üçün Dövlət Komitəsi qeydiyyat üçün əlavə sənədlərin tələb olunduğunu bildirib.
Eyni zamanda 2004-cü ilin yanvar ayında İçəri Şəhər Dövlət Tarixi-Memarlıq Qoruğu ərizəçilərə məktub göndərərək onlardan on beş gün ərzində məscidi boşaltmalarını tələb etmiş və Səbail Rayon Məhkəməsində müraciət edərək dini icmanın Cümə Məscidindən çıxarılması barədə qərar qəbul etməyi xahiş edib. Məhkəməyə müraciətində İçəri Şəhər Dövlət Tarixi-Memarlıq Qoruğu binanın qeydiyyatdan keçmiş sahibi olduğunu iddia edərək dini icmanın rəsmi qeydiyyatdan keçmiş dini qurum olmadığını və onun Cümə Məscidinə icarə və ya hər hansı digər əşya hüququnun olmadığını bildirib. Səbail Rayon Məhkəməsinin 2004-cü il 1 mart tarixli qətnaməsi ilə iddia təmin edilib.
Avropa Məhkəməsinin qərarında qeyd edilir ki, ərizəçilər dini icmanın qeydiyyata alınmaması ilə əlaqədar Azərbaycan Respublikasının məhkəmələrinə müraciət etmədiyinə görə dövlətdaxili hüquq müdafiə vasitələri tükənməyib və bu səbəbdən şikayət Konvensiyanın 35-ci maddəsinin 1-ci və 4-cü hissələrinə əsasən rədd edilməlidir. Avropa Məhkəməsi işdə olan bütün materialları nəzərə alaraq ərizənin bu hissəsində Konvensiyanın pozuntusu müəyyən edilməyib.