Eldar Ağayev 1955-ci il 29 sentyabrda Gürcüstan SSR Tbilisi şəhərində hərbçi ailəsində dünyaya gəlib. Daha sonra ailəsi Bakıya köçüb. Eldar Ağayev burada 20 və 134 saylı məktəblərdə təhsil alıb. 1972-ci ildə Bakı Ümumqoşun komandirlər məktəbinə daxil olub. 1976-cı ildə motoatıcı ixtisası ilə Qusev şəhərində hərbi xidmətə başlayb.
1984-86-cı illərdə Əfqanıstanda motoatıcı bölüyün kəşfiyyat rəisi, sonra isə komandiri olub. Bacarıqlı komandir olduğunu görən rəhbərlik onun əvvəlcə tank alayınının rəisi, sonra isə Drezden kəşfiyyat taboruna komandir təyin edir. Ermənilər torpaqlarımıza hücum edən zaman Eldar Vətənə qayıdır. O, 1992-ci ildə Milli Ordunun tərkibində "N" saylı alayını yaradır. Daha sonra ikinci taboru yaradır və ona komandirlik edir. Onun komandirlik etdiyi tabor dəfələrlə qaynar döyüşlərə atılıb və onlarla erməni quldurunu məhv edib.
Eldarın yaratdığı tabor 1995-ci il dövlət çevirilişinin qarşısının alınmasında da iştirak etmişdi. Bu taborun 18 əsgər və zabiti "Azərbaycanın Milli Qəhrəmanı" adına layiq görülüb. 1997-ci ildən 2000-ci ilədək Azərbaycan Politexnik İnstutunda hərbi kafedranın rəisi olmub. 2000-2001-ci illərdə isə BAÜKM-nin kəşfiyyat kafedrasının rəisi vəzifəsində çalışıb.
Sovetlər birliyi zamanı "Qırmızı Ulduz", "İgidliyə görə" ordenləri ilə təltif olunub. Qarabağ döyüşlərində iştirak etdiyi üçün "Azərbaycan Bayrağı" ordeni ilə təltif olunub.
Azərbaycan Respublikası prezidentinin 4 aprel 1995-ci il tarixli 307 saylı fərmanı ilə Ağayev Eldar Əsgər oğluna "Azərbaycanın Milli Qəhrəmanı" adına layiq görülüb.
Bir övladı var idi.
Allah rəhmət eləsin!